在分子生物学和遗传学研究的核心实验中，核酸电泳是分离、分析和鉴定片段大小的基本技术。一般电泳缓冲液的选择，直接会对分离效果、条带的清晰度以及后续操作的成败产生影响。TAE（Tris-乙酸盐EDTA）以及TBE（Tris-硼酸盐EDTA），这两者是在实验室当中最为常用的两种缓冲液。本文将介绍两种缓冲液的性能与应用场景的差异。
一、性能与应用场景的差异
TAE和TBE的核心区别在于其阴离子成分（乙酸盐vs硼酸盐）带来的不同理化性质，进而影响电泳表现：
1.分辨率与片段大小
TAE：更适用于大片段DNA（大于1kb）的分离。其特点在于，DNA迁移速率相对而言比较快，条带较为清晰。不过在对小片段DNA（持续4小时）的过程里，阴极区域或许会发生酸化现象，致使缓冲能力降低，进而对DNA迁移以及条带形状产生影响。
TBE也就是硼酸硼酸盐体系，具备出色的缓冲性能，在长时间电泳或高电压环境下依然能够维持稳定的pH值，从而保障实验结果的可靠性。这种特性在进行基因组DNA分离或是需过夜电泳的实验中显得尤为关键。
2.缓冲能力
TAE：缓冲能力较弱。在长时间电泳（>4小时）过程中，阴极区域可能发生酸化，导致缓冲能力下降，影响DNA迁移和条带形状。
TBE：硼酸/硼酸盐体系赋予其强大的缓冲能力，在长时间电泳或高电压条件下能保持更稳定的pH值，确保结果可靠。这对于基因组DNA分离或需要过夜电泳的实验尤为重要。
3.下游应用兼容性
TAE：是DNA胶回收的首选。不含硼酸盐，回收的DNA片段可直接用于后续酶学反应（如限制性酶切、连接、PCR、转化无需担心硼酸盐对酶的潜在抑制。
TBE：硼酸盐或许会抑制某些酶，像限制性内切酶、连接酶、聚合酶的活性。如果电泳之后需要直接开展酶操作，这样从TBE凝胶中回收的DNA一般来讲，需要额外的纯化步骤（例如乙醇沉淀或柱纯化）来去除硼酸盐。
4.特殊应用考量
超螺旋DNA的分析表明：在TBE中，硼酸盐这很可能会改变超螺旋DNA的构象，进而致使它的迁移出现异常情况。不过TAE一般而言，是在分析质粒DNA超螺旋形式时更为可靠的一种选择。
RNA电泳：由于RNA通常包含较多小片段，TBE因其高分辨率而更常用于甲醛或非变性琼脂糖凝胶电泳。
聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)：对分辨率要求极高的应用（如蛋白质或小核酸片段分析），TBE是标准选择。
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